La Cour Suprême est la quatrième Institution de l'Etat (Art.25 de la Constitution) dont l'organisation, les règles de fonctionnement et la procédure suivie devant elle font l'objet de la loi organique n°96-071 du 16 décembre 1996.

Les missions de la Cour Suprême sont d'une part celles qu'on peut considérer comme étant exercées de façon spécifique par les différentes sections de l'Institution à savoir : la Section Judiciaire, la Section Administrative et la Section des Comptes (Art. 83 et 84 de la Constitution).

Ces attributions sont juridictionnelles.

D'autre part la Cour Suprême exerce aussi des attributions non juridictionnelles qu'elle tient de la Constitution actuelle.

Ces attributions sont soit des attributions de consultation (Art. 73, 74, 77) soit des attributions de contrôle (Art.35, 37, 57).

Aussi selon la loi Organique n°96-071 du 16 Décembre 1996, ces missions peuvent se résumer comme suit :

• Juge Suprême des décisions rendues en matière civile, sociale, commerciale et criminelle des juridictions de la République (Art. 32).
• Juge d'appel  de toutes  les décisions rendues  en premier ressort    par    les tribunaux administratifs (Art.41), sa compétence s'étend aux recours pour excès de pouvoir contre les décrets, les textes réglementaires ou individuels arrêtés ministériels ou interministériels (Art.42).
• Juge des comptes publics des deniers et des comptables de fait (Art. 82).

La Cour Suprême :

• Assure  l'unité  de  la règle  du  droit  par  l'unicité  de  la jurisprudence,
• Assure et garantit le pouvoir judiciaire,
• Garantit les libertés définies par constitution,
• Veille à la bonne gestion des deniers de l'état,
• Audite les projets et les structures spécialisées du PNUD.